В начале 90-х он участвовал в протестах против Звиада Гамсахурдия, был арестован и находился в тюрьме с сентября по декабрь 1991 года. Первую политическую должность режиссер получил еще при Эдуарде Шеварднадзе, в 1992-1993 годах он был госминистром по вопросам Абхазии.
Затем в течение многих лет Хаиндрава занимался творчеством и не принимал активного участия в политических процессах.
Когда к власти пришел Михаил Саакашвили, была введена должность госминистра Грузии по урегулированию конфликтов, на нее 17 февраля 2004 года назначили Георгия Хаиндрава, и он занимал этот пост, пока не возник конфликт с министром обороны Ираклием Окруашвили.
Политик придерживался умеренных взглядов, он считал, что урегулирование конфликтов на территории Грузии возможно только на основе переговоров, уважения принципов территориальной целостности страны и соблюдения международных норм. Хаиндрава также призывал к диалогу между сторонами, чтобы появилось доверие, призывал искать компромиссные пути.
Он критиковал радикальные подходы и действия, был против применения силы, выступал за защиту прав человека и решение гуманитарных вопросов.
21 июля 2006 года Хаиндрава сняли с поста госминистра, он стал критиковать политику Михаила Саакашвили, участвовал в акции протеста осенью 2007 года. В течение нескольких лет политик занимался правозащитной деятельностью и входил в составправления НПО «Институт равноправия».
